Однажды демон напал на деревню, в которой родился мальчик Наруто. Чтобы остановить демона, глава поселения запечатал его внутри Наруто, но сам при этом погиб. Прошли годы. Наруто вырос, став гиперактивным и очень тупым ниндзя. Он все еще живет в родной деревне, где его не особо любят и стараются избегать.
В ближайшем будущем на удаленном острове под названием The Lost Grounds появилась новая разновидность людей, Alter User'ы, умеющие манипулировать материей и преобразовывать ее во что-то другое. На этом острове гражданами считаются те, кто родился внутри обнесенного стеной города, в то время как все остальные ведут полузаконное существование в бесплодных землях...